Iako se mineralna đubriva pripremaju i pakuju tako da se obezbedi uspešno dugo čuvanje, kvalitet će zavisiti i od pravilnog skladištenja. Savete za čuvanje mineralnog đubriva daje Jovana Knežević, savetodavac iz Poljoprivredne savetodavne i stučne službe.
Magacin gde se čuvaju mineralna đubriva mora da bude suv i da se prozori i vrata dobro zatvaraju. Poželjno je da bude betonski pod i da se po podu naređaju drvene palete, a na njih da se stave džakovi sa mineralnim đubrivom. Ukoliko je zemljani pod, on treba da je dobro nabije, prekriven daskama. Ukoliko postoje mogućnosti najbolje bi bilo da se čuvaju u prostoru koji je namenjen samo za tu svrhu.
Mineralna đubriva treba razvrstati po vrstama i odvojiti ih (makar improvizovano).
Jako je važno da se vodi računa da se džakovi ne oštete prilikom transporta, utovara i skladištenja, iz prostog razloga što neka mineralna đubriva lako i brzo upijaju vlagu. Ukoliko se džakovi oštete, đubrivo može da postane grudvasto, čime se umanjuje efikasnost rasipanja i otežava kasnija primena.
Ako se, ipak, desi da dođe do oštećenja vreće sa mineralnim đubrivom neophodno je da se što pre prebaci u novi džak, kako bi se sačuvala svojstva mineralnog đubriva.
Kada je suvo i toplo vreme, magacin treba redovno provetravati, a kada su loše vremenske prilike treba držati sve prozore i vrata dobro zatvorene.